通化市交通运输局为市政府工作部门，是全市交通运输工作的主管部门。局6个内设机构：办公室、人事科、财务审计科、安全生产监督管理科（应急管理办公室）、公路管理科、运输服务科。另设行政审批办公室和直属机关党委。  

　　下属5个事业单位：2个副县级事业单位（公路管理处、综合行政执法支队），3个科级事业单位（高速公路建设管理办公室、客运管理处、公路工程质量监督站）。